- 2020/10/30 EBS容量設定を増加
- 2020/08/07 ドキュメント作成
このドキュメントは参考情報として提供されるものであり、動作は保証されない。
AWS ParallelCluster 上で、myPresto5.0 in silico screening tutorial v5.0 180112(以下、元ドキュメント)を実行する手順について、元ドキュメントからの変更点について記載する。
以下の手続きはAdministrator権限を有したIAM Userが、Cloud9上で実行することを前提として記載する。key-pairについては事前に作成しておくこと。 また、ParallelClusterのバージョンは、2.8.1で検証を行った。
sudo pip install aws-parallelcluster
以下の内容のファイルを、~/.parallelcluster/config
として作成する。<KEY_NAME>
, <VPC_ID>
, <MASTER_SUBNET_ID>
, <COMPUTE_SUBNET_ID>
については適時置き換えること。
~/.parallelcluster/config
[aws]
aws_region_name = us-east-1
[global]
cluster_template = default
update_check = true
sanity_check = true
[aliases]
ssh = ssh {CFN_USER}@{MASTER_IP} {ARGS}
[cluster default]
key_name = <KEY_NAME>
base_os = centos7
scheduler = sge
master_instance_type = c5.xlarge
compute_instance_type = c5.12xlarge
max_queue_size = 20
master_root_volume_size = 1000
vpc_settings = default
dcv_settings = dcv1
tags = {"Project": "ParallelCluster-myPresto"}
[vpc default]
vpc_id = <VPC_ID>
master_subnet_id = <MASTER_SUBNET_ID>
compute_subnet_id = <COMPUTE_SUBNET_ID>
[dcv dcv1]
enable = master
pcluster create mypresto-cluster
以下のコマンドにより、NICE-DCVによるリモートデスクトップアクセス用URLが生成される。
pcluster dcv connect -k <KEY_NAME>.pem mypresto-cluster
元ドキュメントの中の、MTS法によるスクリーニングをベースとして記載する。
手順の通り、screening_pack YYMMDD .tar.gz
及び、screening_data YYMMDD .tar.gz
をParallelCluster上のHome directoryにアップロードする。
スクリーニング用プログラムとしては、screening_org_server
を使用するため、以下の手順でインストールを行う。
cd screening_packYYMMDD
cp -r screening_org_server screening_org
bin/install.sh
インストールが完了したら、実際の手順(5. MTS法 実行手順 screening_org_serverの場合)を実施する前に、以下のファイルを書き換える。
-
screening_org/base/bin/make_grid.csh
- before
bsub -i ${protein_name}.inp -o make_grid_${protein_name}.log -q qall -J "G_${protein_name}" ${sievgene}
- after
qsub -b y -N "G_${protein_name}" -cwd -o make_grid_${protein_name}.log "${sievgene} < ${protein_name}.inp"
-
screening_org/base/bin/make_docking_score.csh
- before
bsub -o D_${docking_name}.log -q qall -J D_${docking_name} $CMD
- after
qsub -b y -cwd -o D_${docking_name}.log -N D_${docking_name} $CMD
-
screening_org/base/bin/run_group_MTS.pl
- before
system("bsub -o $output_file -i $input_file -q $que -J D_$code $CMD");
- after
system("qsub -b y -o D_${code}.log -N D_${code} -cwd \"$CMD < $input_file\"")
また、以下のコマンドにより、screening_org/base/bin/RUN_docking.pl
に実行権限を付与する。
chmod +x screening_org/base/bin/RUN_docking.pl
元ドキュメント、「5. MTS法 実行手順 screening_org_serverの場合」について、指示通り実施する。
手順完了後、myPresto Portalをインストールし、ターゲットタンパク質のPDBファイル及び、base/top/
に出力される.mol2
ファイルを読み込み、表示する。