内容はGitHubの2段階認証とhttpsアクセスとほぼ同じです。
GitHubに大規模な不正ログイン試行を参照のこと。
githubの設定変更はGithubの二段階認証を設定しようにまとまっています。
Githubの2段階認証を有効にしてgitからの認証が弾かれる時の話にあるように、プロキシなどでgitプロトコルが使えずhttp/httpsでアクセスしている場合、認証に使うパスワードはこれまで使用していたものではなく、githubの設定画面から発行するPersonal Access Tokenを使う必要があります。
Personal Access Tokenの発行は公式のヘルプを参照のこと。
最初にPersonal Access Tokenを発行した際はトークンの値を参照できますが、以降はトークン名の変更と削除しかできなくなります。 従って何らかの方法でトークンの値を保存しておかないと毎回新規のトークンを発行しなければなりません。
gitにはgit credentialという機能があり、認証情報を保存することができます。 詳細はgit を https 経由で使うときのパスワードを保存するにまとまっています。