Instruções imports são úteis para linkar módulos (arquivos). Bundlers (ex: Browserify / Webpack) são normalmente acionados para criar um arquivo contendo tudo que foi importado a partir de um arquivo entry point e a ramificação de suas dependências. Loaders são capazes de carregar módulos dinamicamente (ex: O SystemJS é capaz de carregar módulos exportados em qualquer formato: CommonJS, AMD, ES6, variáveis globais e até mesmo módulos paraguaios vindos pela Ponte da Amizade ;)
Obs: Há um projeto chamado SystemJS builder que é um bundler e talvez possamos considerar o Webpack Dev Server um loader que roda dentro um serviço HTTP próprio. Ambos também suportam módulos não ES6.
Apesar se ser possível carregar módulos dinamicamente, a especificação ES6 modules determina que elas são instruções declarativas, sendo obrigatoriamente realizadas antes do script iniciar. [Isso traz diversas vantagens]